Finalmente, como él quiso, Fernandez jugara en Colón, equipo del cual es hincha desde joven.
Fueron días de incertidumbre para que Colón le comprara el pase en su totalidad al jugador. Firmara por 3 años y medio de contrato.
Brian Fernandez es conocido por tener altibajos futbolísticos por momentos personales y faltas a entrenamientos. En defensa tuvo una buen actuación,marcó 16 goles en 71 partidos. Pero en sus dos ciclos en Racing nunca pudo obtener la regularidad que quería, sumado a esto tenía una mala relación con Diego Cocca (6 goles y 2 asistencias en 26 partidos). Entre medio paso por Sarmiento de Junín donde marcó 3 goles en 6 partidos.
Cuando jugó en el Metz de Francia no tuvo un buen paso, pero en Unión La Calera la rompió con 11 goles y 4 asistencias en 12 partidos. Luego en el Necaxa tuvo 18 goles y 5 asistencias en 32 partidos, antes de desembarcar en el Portland Timbers.
Ya en la MLS marcó 15 goles y consiguió un promedio de gol cada 117 minutos. Jugó 20 partidos de titular.
El delantero dejó de lado ofertas del Fenerbahçe y el club chileno Unión La Calera, todo para cumplir el sueño de jugar con la rojinegra.
Esta es la segunda corporación de Colón que ya cuenta con el uruguayo Rafael García, procedente de Nacional de Montevideo donde salió campeón